Polat Alemdar, kendisinden yardım isteyen bir annenin gözyaşlarına kayıtsız kalamaz. Bir evladı askerde şehit olan, diğerini dağda teröristler arasında yitiren annenin hikayesi, 30 yıllık bir yangının hikayesidir. Ömer Babanın da deyişiyle, her yangında olduğu gibi bu terör yangınında da bir tek analar çocuklarının derdine düşmüştür. Bu yangın elbet bir gün sönecektir. Hiçbir şey ile değilse, anaların gözünden akan yaşla sönecektir. Vadi; teröre karşı kayıtsız olanlar ve terörden beslenenlerle, Terörle yaşamak istemiyorum diye haykıranlar arasında kıyasıya bir mücadeleye gebedir... Polat Alemdar ve arkadaşları, yine kendilerini, bu karanlık ve puslu vadinin ortasında bulur. Artık Vadi; teröre yüksek sesle hayır diyenlerin buluşacağı bir yerdir...

2. BÖLÜM

Kurtlar Vadisi Terörün sansür nedeniyle yayınlanamayan 2. bölümü, terör mağdurlarına yardım amacıyla ilk ve son kez 18 Ekim Perşembe gecesi Show TV ekranında yayınlandı.
Kurtlar Vadisi Terörün yapımcı firması Pana Film dizinin yayını için kanaldan hiçbir ücret talep etmeyecek. Show TV, dizinin yayını süresince elde edilen reklam gelirinin tamamını, terör mağdurlarına bağışlayacak. Kurtlar Vadisi Terörün yayını süresince verilecek numaralara SMS gönderen izleyiciler de, yardımlarıyla kampanyaya destek olabilecekler.

İlk bölümü 8 Şubat 2007de yayınlanan ve ikinci bölümü gösterilemeden yayından kaldırılan Kurtlar Vadisi Terörde, Polat Alemdar, bir oğlunu dağda, bir oğlunu askerde kaybeden Refika Ananın gözyaşlarına kayıtsız kalamayarak, terör dosyasının kapağını açmıştı. Refika Ananın örgüt üyesi olan kızı Seheri kurtarmakla işe başlamak isteyen Polatın karşısındaki ilk engel bizzat Seherin silahının namlusu olmuştu. İkinci bölümde Seherin silahının izinden giden Polat, yeni düşmanını tanımaya çalışacak. Polatın masasındaki terör dosyası açılacak ve Türkiyede terörün 30 yıllık seyri ve aşamaları ekrana taşınacak.