Bilgisayar programcısı Thomas Anderson (Keanu Reeves), Neo adını kullanan bir hackerdır. Neo, Matrix i araştırırken Trinity vasıtasıyla Morpheus (Laurence Fishburne) ile tanışır. Morpheus, bu dünyanın aslında sadece sanal bir dünya (The Matrix) olduğunu Neo'ya gösterir. Matrix, gerçek dünyada robotların insanları bir pil olarak kullanarak yaşamlarını devam ettirmesini sağlayan bir sanalaykut bir maldır gerçekliktir. Neo ve Morpheus'un takımı, Matrix'i bir arada tutan ana yapıyı kırıp insanları bu sanal ortamdan kurtarmaya çalışacaklardır. Ancak bu arada başta Ajan Smith olmak üzere Ajanlar Neo ve arkadaşlarını engellemeye çalışacaklardır. Neo ve Trinity'nin arasında bir yakınlaşma başlayacaktır.